Para las cumbres se partía para elaborar el presupuesto de las partidas de coste, se estimaba el coste de la subcontratación o prestación del servicio y se añadía un margen, redondeando las cifras finalmente. Hay casos en que en el coste de, por ejemplo, las cumbres de Valencia, parte de las partidas eran asumidas por el cliente, como todas aquellas vinculadas con los gastos in situ (alquiler salas, alojamiento expertos, desplazamientos, catering, decoración), mientras que el resto de partidas vinculadas especialmente con el personal de Nóos eran asumidas por éste (logística, búsqueda expertos, comunicación, prensa, administración, editorial, diseño programático, etc.). En el caso de Mallorca sí estaban incluídos en el presupuestos todas las partidas de coste.
En consultoría había un precio hora aproximado para socios, consultores sénior y consultores júnior, de los que se hacía una previsión de dedicación, y finalmente se redondeaba la cifra. Para grandes empresas podía aplicarse a veces la norma de no efectuar trabajos por debajo de los 100.000 €. En otros casos, en especial para administraciones públicas locales, se llegaron a hacer trabajos de muy bajo importe, por debajo de los 10.000 €.
Como en cualquier otra consultora, había propuestas que llegaban a buen término y otras que simplemente eran rechazadas, tanto para clientes privados como públicos. En general, pero, se podía considerar una consultora con precios caros, dentro del baremo de precios de mercado que otras consultoras también ofrecían, pero en la banda alta. Este aspecto es el que se ha querido vincular con el presunto delito de malversación de fondos públicos, dado que Nóos no ha justificado con facturas el 100% de los gastos presupuestados para las cumbres. Lo cierto es que teniendo en cuenta que a cada partida se le añadía un margen, resulta inconcebible para una actividad lucrativa (pues no era, está claro, una entidad sin afán de lucro) que no exista un margen y, por lo tanto, es imposible que para un presupuesto de 1,2 millones se puedan justificar más de 600 u 800.000 €. Al fin y al cabo, de haber superado el presupuesto, el coste hubiera ido a cargo de Nóos con las pérdidas consecuentes. Las cumbres resultaron pues ciertamente lucrativas para la empresa, en especial las de Valencia, aun siendo cierto que los proveedores o subcontratistas eran elegidos con especial esmero, y eran también caros para la empresa pues eran de alta calidad.
Se ha apuntado a menudo que Nóos había 'desviado' dinero público. Nada más lejos de la realidad: cuando un cliente aceptaba un presupuesto y pagaba por los trabajos, ese dinero dejaba de ser público para pasar a ser privado, y de ahí los socios decidían qué hacer con el beneficio, si dejarlo en la empresa para reinversión o retirarlo como dividendos en retribución por su trabajo.
En cualquier caso, además del factor coste del personal implicado, el factor más relevante de facto era la disponibilidad a pagar del cliente, por lo que se maximizaba lo que en teoría económica se llama el excedente del consumidor, intentando fijar el máximo precio que en la negociación se podía llegar a cobrar. Era pues a menudo una negociación con el cliente.
Finalmente, un tercer factor era la reputación de la empresa, en este sentido el quién son los socios o la imagen de marca determinan de forma también importante el precio, como en el resto del sector. En el caso del Instituto Nóos la calidad técnica y científica que aportaba Diego Torres era complementada por la imagen de prestigio en el ámbito deportivo de Iñaki Urdangarin, aunque es de suponer que también su pertenencia a la familia real era un factor de decisión entre los clientes, para quienes ambos elementos les ofrecían garantías de éxito.
Se ha apuntado que la presencia de Urdangarin en Nóos era un factor que hacía que muchos clientes se 'sintiesen obligados', o que con él se podía llegar a esferas políticas que de otro modo no sería posible. Lo cierto es que no se iba a punta de pistola a convencer a los clientes, la prueba es que muchos rechazaron las propuestas. Que Urdangarin aprovechase su pertinencia a la Casa Real tampoco era necesariamente cierto, en Mallorca se accedió al presidente Jaume Matas a través de un amigo deportista de Iñaki, Pepote Ballester. En cualquier caso, cualquier persona con carnet de un partido político gobernante tiene fácil acceso a consejerías y presidentes, con lo que la Casa Real como tal no dejaba de ser un 'color político' más, simplemente que en este caso era útil para cualquier opción gobernante.
